Новости и мнения

Геномы того же дня

Два новых секвенатора будут читать геном человека через 24 часа.

Две конкурирующие компании скоро предложат машины, способные секвенировать геном человека в течение 24 часов, а не недель или месяцев. Во вторник (10 января) Illumina Inc. и Life Technologies Corp. объявили о запуске соответствующих машин, каждая из которых способна быстро считывать геном за один день. Компания Life Technologies сделает это всего за 1000 долларов за геном, заявила компания .

«Это захватывающе», – сказал Джон Вайнштейн , заведующий кафедрой биоинформатики и вычислительной биологии в Онкологическом центре доктора медицинских наук Андерсона при Техасском университете, который в настоящее время использует машины Illumina в своей системе секвенирования ядра. «Часто шкала от часов до дней является критической, а не от недель до месяцев». В фундаментальных исследованиях геномы в один и тот же день сократят время от эксперимента до результатов, говорит Вайнштейн. В медицине технология может информировать о чувствительных ко времени событиях, таких как выбор терапии для больного раком или выявление инфекционной болезни и борьба с ней.

HiSeq 2500 ILLUMINA, INC.

«Существует множество потенциальных применений», – согласился Джон Кукенбуш , директор Центра вычислительной биологии рака (CCCB) в Онкологическом институте Дана-Фарбер в Бостоне. «Есть диагностика редких заболеваний. Я также вижу большие возможности в поиске диагностики у новорожденных ». В настоящее время CCCB использует секвенирующие машины Illumina и Life Technologies, и« абсолютно »заинтересован в добавлении одной из новых машин генома в день в свой арсенал. сказал Quackenbush.

Компания Illumina HiSeq 2500 позволит исследователям сгенерировать 120 гигабаз данных – 40-кратное покрытие или повторное секвенирование одного генома человека в 3 гигабазы ​​- за 27 часов, объявила компания . Это значительное увеличение скорости по сравнению с предыдущей моделью, популярной машиной HiSeq2000, которая последовательно обрабатывает до 5 геномов человека (около 600 гигабаз данных) одновременно в течение 10 дней. Однако, как сообщает Forbes, новая быстрая модель стоит 740 000 долларов.

Ионный протонный секвенсор PRNEWSFOTO / LIFE TECHNOLOGIES CORPORATION

По словам представителя компании Маурисио Минотта, стоимость ионного протонного секвенсора Life Technologies значительно ниже – 149 000 долл., И он будет включать весь геном человека с охватом от 20 до 30 раз в день всего за 1 000 долл. Illumina отказалась раскрывать стоимость одного генома для HiSeq 2500.

Геном за 1000 долларов уже давно стал важной вехой в геномике – оценочная цена, когда индивидуальное секвенирование генома будет практичным для врачей для использования с пациентами. «Это огромная гонка на дно», с 2007 года стоимость секвенирования упала на 33 процента в квартал, сказал Кэкенбуш. Секвенирование становится настолько дешевым, добавил Вайнштейн, что его стоимость в скором времени может стать наименьшей из затрат на исследования в области геномики, которые включают стоимость приобретения образцов, их подготовки и биоинформатики после секвенирования.

Тем не менее, Вайнштейн предупредил: «пока кто-то не увидит характеристики производительности и не получит шанс запустить шины любой новой технологии, мы можем говорить о возможных преимуществах, но не о фактах».

На данный момент ученым придется подождать, пока машины выйдут на круги своя: HiSeq 2500 не появится на коммерческом рынке до второй половины 2012 года, а Ion Proton не начнет поставки примерно год.

Обсуждение

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *